El beaterio de mercedarias descalzas, fundado por Doña María de Mendoza en 1626, se emplazaba en un primer momento junto al desaparecido Convento de Santa Bárbara, situado en la plaza del mismo nombre. Al ser un lugar que se inundaba con facilidad, solicitaron al rey Felipe IV una nueva ubicación. El rey accedió a la petición ya que quería fundar un convento dedicado a Nuestra Señora de la Concepción, en agradecimiento al nacimiento de su hijo y heredero al trono, el futuro Carlos II. En representación del rey, Don Juan Felipe Jiménez de Góngora (de quien el Monasterio tomará el apelativo de "Góngoras"), ministro del Consejo de Castilla, miembro de la Cámara del Rey y Gobernador de la Real Hacienda y de la Contaduría Mayor de sus Tribunales, encarga, en 1663, al arquitecto Fray Manuel de San Juan Bautista y Villarreal el diseño del convento, que debía emplazarse sobre unas antiguas huertas del duque de Frías, para algunas fuentes, o del marqués de Colares Don Jerónimo de Atayda, para otras. Las obas se paralizan por el fallecimiento de su benefactor en 1664, reanudándose en 1668, bajo patrocinio de Don Pedro Niño de Guzmán, Conde de Villaumbrosa y Castronuevo y Marqués de Quintana y dirección del arquitecto Manuel del Olmo. La edificiación del convento se realizó en dos fases seguidas a cargo del maestro de obras Juan Barbero: primera, el convento y una pequeña iglesia, según diseño de Fray Manuel de San Juan Bautista y Villarreal; y segunda, consistente en la ampliación de la Iglesia, según diseño de Manuel del Olmo, construyendo el crucero con cúpula sobre pechinas y enriqueciendo la decoración interior del templo, característica del barroco.
El Convento de la Purísima Concepción de las monjas de la orden de la Merced se articula entorno a un claustro central cuadrado, con iglesia ubicada junto a la panda oriental del mismo, para facilitar el acceso de las monjas al coro de la iglesia. La iglesia de una sola nave dividida en tres tramos por pilastras cajeadas, donde se abren hornacinas decoradas mediante retablos. Es cubierta por una bódeda de cañón con lunetos sobre un entablemento contínuo con ménsulas pareadas que recorre todo el conjunto acentuando la visión hasta el presbiterio, precedido por un crucero poco desarrollado en planta, con sus machones dotados de un retablo cada uno, sobre el que se levanta la amplia cúpula sobre pechinas decoradas con frescos que representan los cuatro Evangelistas, obra de Andrés Fernández Merodio y Baltasar de Castrejón en 1688. El presbiterio, cubierto por una bóveda de medio cañón con lunetos decorada con la pintura "Alegoría del Sagrado Corazón de Jesús", obra de A. J. Garrido, en 1911, es presidida por el Retablo Mayor, obra de Diego Martínez de Arce de finales del siglo XVIII, de estilo barroco con influencias italianas, presidido por una escultura de Inmaculada Concepción. El exterior, de gran sencillez cuenta con una fachada, resultado de una reforma llevada a cabo en el siglo XVIII, que fue construida en ladrillo cubierta con revoco imitando sillares de piedra, sobre basamento de granito y rematada por un gran frontón. Durante la Guerra Civil el monasterio fue utilizado como almacén y comedores del ejército republicano. Tras la contienda, las monjas pudieron volver al monasterio, siendo restaurado. Desde 1968, alberga el Colegio La Merced. Se han sucedido diversas reparaciones y restauraciones hasta la actualidad.
