La Villa y Corte de Madrid no contó con Tribunal del Santo Oficio propio hasta 1650, que hasta entonces juicios se llevaban a cabo en Toledo. Tras varias ubicaciones, se decide levantar un edificio en la calle Torija, para destinarse al Consejo de la Suprema y General Inquisición, dirigido por los padres dominicos quienes lo fundaron en 1523. En 1792 hubo un primer proyecto de Ventura Rodríguez, pero debido a la urgencia y a la falta de presupuesto para construir el edificio y el fallecimiento de Rodríguez, su discípulo, Mateo Guill, retoma el proyecto que reduce en dimensiones y simplifica la decoración del anterior. El arquitecto mantuvo la vieja fábrica del antiguo inmueble existente del siglo XVII, mientras que redujo las obras a la fachada de la calle Torija, con portada central, muy austera en decoración y un balcón entre columnas. Las obras de construcción de este edificio fueron llevadas a cabo por Mateo Guill y Vicente Barcenilla entre 1786 y 1790. El edificio se completaría con una reforma interior del edificio a cargo de Manuel Martín Rodríguez y José de la Ballina entre 1793 y 1794, orientadas a adaptalo a su doble función residencial y administrativo. El Consejo Supremo del Santo Oficio tuvo su sede en este edificio hasta ser abolido definitivamente en 1820.
Después el edificio tuvo varios usos, dependencias ministeriales, hotel inglés e imprenta hasta que en 1894 fue comprado por las Madres Reparadoras, llevándose entonces una reforma a cargo de Juan Bautista Lázaro de Diego y Joaquín María Fernández y Menéndez-Valdés entre 1898 y 1901. En ella se incluía la construcción de una nueva iglesia, más amplia, de cruz latina y estilo neorrománico, con fachada a la calle Fomento: arco de medio punto de entrada abocinado con jambas columnadas, una pequeña arquería y un gran rosetón superior.
A principios del siglo XXI, el convento fue adquirido por el Estado para paliar la necesidad de espacio que reclamaba el Senado. El interior será reformado para adaptar las dependencias a los nuevos usos.
