En 1902, Benita Maurici, viuda de Manuel Caviggioli, acuerda con los agustinos de la Provincia de Filipinas patrocinar la construcción de una iglesia bajo la advocación de El Salvador, que serviría de panteón para ella y su difunto marido, y un convento adjunto para residencia de los religiosos, con fachada a la calle Columela, cuya planta baja se destinaría a escuela gratuita de obreros gestionada por la futura “Fundación Caviggioli". Las obras se iniciaron en 1903 y finalizaron en 1910 -ya con la actual advocación de San Manuel y San Benito en homenaje a los fundadores- según proyecto del arquitecto Fernando Arbós y Tremanti. De origen italiano y formación francesa, Arbós propone una iglesia exenta de planta centralizada en cruz griega y estilo neobizantino veneciano que dispone en diagonal, con la entrada orientada a la esquina de las calles de Alcalá y Lagasca, para aprovechar mejor el solar, creando alrededor un jardín cerrado por una magnífica verja. El exterior, forrado en arenisca de Novelda con incrustaciones de mármoles, destaca por su esbelta torre dividida en cuatro cuerpos, y la silueta de la cúpula de cobre rojizo rodeada por cuatro parejas de pináculos de inspiración islámica a modo de contrafuertes, entre los que se abren grandes ventanales que aumentan la sensación de verticalidad y esbeltez del conjunto. Unido a la iglesia por una galería en el lado izquierdo de la cabecera se desarrolla el pabellón de escuela y convento distribuido en cuatro niveles -en el proyecto original eran cinco-: semisótano, plantas baja –hoy dividida con una entreplanta- y primera para las clases, y la segunda de residencia para los religiosos agustinos que ejercían de docentes. Poco después de la inauguración se instalaron ante las puertas sendas marquesinas acristaladas –hoy felizmente desaparecidas- para proteger a los feligreses al entrar y salir del templo. En el interior destaca el gran crucero octogonal destacado en planta, con el brazo poligonal del Evangelio -izquierdo- ocupado por la capilla de Santa Rita, y el recto de la Epístola -derecho- destinado a panteón, que se expresa al exterior mediante un sarcófago monumental coronado por una cruz; mientras que la cabecera presenta ábside semicircular elevado, y el brazo de los pies -más ancho y largo- acoge un coro alto sobre el nártex, al que se accede por dos puertas que flanquean la gran torre central delantera, eje del edificio y de la fachada principal, que encierra la escalera de acceso al campanario concebido a modo de campanile gótico italiano. El crucero se destaca en altura con un esbelto cimborrio sobre pechinas, con tambor horadado por dieciséis grandes ventanales dobles trilobulados cerrados con vidrieras, y esbelta linterna de coronación. La decoración interior se resuelve mediante mármoles, dorados, y mosaicos de excelente ejecución realizados por la firma "Facchina et Cie." de París. El altar está presidido por una colosal imagen de El Salvador de dos metros y medio de altura labrada en mármol blanco de Carrara por el escultor Ángel García Díaz, flanqueada por otras menores de San Agustín y San José. Entre el altar mayor y la capilla funeraria se adelanta el púlpito de mármol de Macael de varios colores, donde destaca el "Águila de Hipona" -en referencia a San Agustín- que corona el tornavoz. En el coro alto se sitúa el órgano de la casa alemana "Walcker" de Stuttgart construido en 1910.
Durante la Guerra Civil (1936-1939) los Agustinos fueron expulsados y la iglesia fue transformada en almacén, mientras que la sacristía y locales anejos se convirtieron en un economato y el convento en sede del Comité Ejecutivo del Partido Comunista; y aunque no sufrió graves daños, se perdió parte del mobiliario junto a otras piezas litúrgicas. Tras la contienda vuelven los agustinos y se realiza una rehabilitación del edificio; convirtiéndose el templo en parroquia en 1965 a solicitud de la Archidiócesis de Madrid-Alcalá. Desde entonces se han realizado diversas intervenciones de restauración: en 1975 por José Antonio Arenillas; en 1996-98 a cargo del estudio de María Dolores Artigas, Vicente Patón y Rafael Pina, y en 2006-2007 a cargo de José Luis Izquierdo. En 1977 se repara el órgano, que protagoniza los conciertos celebrados todos los años con motivo de la Semana Internacional de Órgano.
