La Real Academia de Farmacia tiene su origen en 1737, cuando Felipe V aprobó los estatutos del Real Colegio de Boticarios de Madrid, una institución que aunaba dos antiguas cofradías de boticarios madrileños, la de Nuestro Señor San Lucas y Nuestra Señora de la Purificación, constituida en 1589, y la de Nuestra Señora de los Desamparados, fundada en 1654. El Real Colegio se fundaba con el objetivo del cultivo y adelantamiento de la Farmacia, Química, Botánica e Historia Natural. A comienzos del siglo XIX, se crea el Colegio o Escuela de Farmacia de San Fernando, ocupando varias sedes: primero en la calle San Pedro, después calle Barquillo (1745), en calle de Relatores (1780), y finalmente ocupó unas casas de la calle Atocha hasta que en 1830 se finalizaron las obras de su propio edificio en la entonces calle de San Juan, hoy calle de la Farmacia. La construcción de este edificio fue sufragada por todos los farmacéuticos de España, como reza una lápida colocada en el vestíbulo del inmueble.
El edificio del Real Colegio de Farmacia fue proyectado por el arquitecto alavés Pedro de Zengotita Vengoa en 1827, siendo utilizado, primero como Colegio y después, en 1845, como Facultad de Farmacia de San Fernando de la Universidad Central. Se trata de un edificio de líneas neoclásicas, entre medianerías, con una fachada en tramos quebrados para adaptarse a la curvatura de la calle. Se levanta sobre su zócalo de piedra que ocupa la planta baja sobre la que se levanta un paramento de ladrillo visto, rematado por una cornisa en piedra blanca. En ella se disponen simétricamente los vanos que se abren en la fachada, siendo balcones los del primer piso con guarniciones de piedra blanca. Posteriormente se añadió el frontón triangular con escudo que corona el cuerpo central de la fachada sobre la cornisa y se abrió una puerta de acceso al Instituto Nacional de Toxicología. El edificio ocupaba la parte delantera del solar, extendiéndose en la trasera un Jardín Botánico donde cultivar las plantas que serían utilizadas en los remedios medicinales, que hoy ha desaparecido.
Por decreto de 1898, ratificado en 1917, que obligaba a la colegiación de los farmacéuticos españoles, surgió el Colegio Oficial de Farmacéuticos de Madrid, incorporándose en él el antiguo Real Colegio de Boticarios de la Corte. En 1920, se transformó en corporación científica y Alfonso XIII ratificó el derecho de emplear el título de Real y le concedió la facultad de otorgar premios. En 1932 pasó a llamarse Academia Nacional de Farmacia, volviendo a recibir el nombre de Real Academia de Farmacia en 1939.
En 1943 la Facultad de Farmacia se trasladó al nuevo edificio de la Ciudad Universitaria, destinándose el antiguo edificio de la calle Farmacia a sede de la Real Academia de Farmacia en 1967, tras ser adquirido por cuestación pública. El edificio fue reformado para adecuarlo a su nuevo uso. Cuenta con varias aulas y salones, además de una biblioteca con obras relacionadas con la Farmacia. En 1994 la Real Academia adquirió una farmacia, con botica y rebotica, abierta en 1876 en la calle del Príncipe número 13, que hoy forma parte de su interesante Museo de la Farmacia, cuya existencia data del último cuarto del siglo XIX.
