Las ruinas de la esta iglesia pertenecían al conjunto formado por el convento y colegio de San Fernando, de la Orden de los Clérigos Regulares pobres de la Madre de Dios de las Escuelas Pías -más conocidos como Padres Escolapios-. El colegio –denominado inicialmente de Nuestra Señora de la Portería- se instaló en 1729 en unas casas de la calle Mesón de Paredes que anteriormente había ocupado el Hospital de Nuestra Señora de Montserrat de Aragoneses, fundado en 1617 y trasladado en 1658 a la calle de Atocha dejando en su lugar una ermita dedicada a la Virgen del Pilar que sería el primer templo del nuevo convento. Al crecer el número de alumnos se adquirieron otras casas inmediatas para construir un edificio más espacioso, cuyo proyecto se encargó en 1734 a Francisco Ruiz, que diseñó para el convento una iglesia de tres naves, iniciándose las obras en 1737. Tras la muerte de Ruiz en 1744, los trabajos fueron continuados por José Álvarez, que en 1761 terminó el colegio a falta de la iglesia, cuya construcción se encomendó al arquitecto Antonio Valcárcel, aunque tras su muerte en 1763 el proyecto definitivo recayó en el hermano -lego escolapio- Gabriel Escribano, que le dio fin en 1791. Fruto de este proceso resultó un templo de difícil adscripción estilística, pues tras una fachada tradicional –casi herreriana- que parece anticipar una iglesia de cruz latina igualmente clásica, se levanta un templo singular compuesto por dos espacios netamente diferenciados: una nave única de planta rectangular y tres tramos –el central levemente resaltado a modo de crucero- rematada por un arco toral monumental que daba paso a una gran cabecera circular coronada por una elevada cúpula con linterna, a la que se abría por otro arco toral el presbiterio rectangular. La decoración interior combinaba también elementos diversos, pues la nave era de un riguroso orden dórico, que en la cabecera se sustituía por otro más esbelto con capiteles del orden “madrileño” del Hermano Bautista –hojas de acanto bajo un ábaco dórico- sobre los que descansaba un entablamento dividido por ménsulas pareadas, remedando una solución más propia del siglo XVII que de la fecha de su construcción. En cuanto a los retablos, presentaban la singularidad de ser todos de escultura por acuerdo tomado en 1789, reuniendo obras de los mejores artífices del momento: Alfonso Bergaz, Juan Adán, José Esteve Bonet, José Piquer, Francisco López, Julián San Martín, José Guerra, José Rodríguez “Sócrates”, Francisco Antich y Pablo Cerdá; aunque el mayor lo centraba una pintura de Ramón Bayeu donada por Carlos IV que representaba a la Virgen del Pilar mostrada por San Fernando a San Carlos y San Luis; pudiendo citarse todavía la adición de alguna pieza anterior, como un San Juan Bautista de Manuel Pereira, y otras tardías, como el Beato Pompilio que Salvador Páramo dejó inacabado al morir en 1890. Además el colegio –rebautizado ahora “de San Fernando”- siguió recibiendo algunas mejoras: en 1790 se crea una pequeña plaza delantera que daba amplitud de vistas a su fachada, y en 1798 Francisco Sánchez construye una sobria puerta neoclásica de acceso, prosiguiendo en el siglo XIX con la ampliación de sus instalaciones: biblioteca, gabinete de Historia Natural y de Física, comedor de internos, etc.
Por desgracia todo el conjunto fue incendiado y saqueado al comenzar la Guerra Civil (1936-1939) -aunque las esculturas pudieron salvarse-, siendo derribado en la década de 1940 con la excepción de los restos de la iglesia, que se reducían a la parte inferior de la fachada, el muro izquierdo de la nave y la cabecera con su tambor pero sin cúpula. El solar restante fue destinado a diferentes usos: en una parte se abrió en 1944 el Mercado de San Fernando, obra de Casto Fernández Shaw, en otra se levantaron viviendas, y por último, en los años 50 se inauguró el Cine Lavapiés -después Teatro Lavapiés- con su famosa sala de fiestas Molino Rojo, que tras ser clausurado en 1984 fue adquirido tres años más tarde por el Ayuntamiento para destinarlo al mismo uso por tener la máxima protección, siendo finalmente derribado en 1993 con mucha polémica. Tras una etapa de abandono las ruinas del templo fueron ajardinadas hacia 1970, comunicándolas con la vecina plaza del Sombrerete -hoy de Agustín Lara- y dotándolas con una fuente de fundición decorada con delfines, ahora en la plaza de San Ildefonso. Tras un primer concurso fallido convocado en 1992 para convertir las ruinas en Centro Cultural, el edificio fue cedido a la Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED), que en 1996 encargó al arquitecto José Ignacio Linazasoro Rodríguez un proyecto para instalar aquí su biblioteca, junto a la que se construiría un aulario y dependencias administrativas ocupando el solar del desaparecido Teatro Lavapiés; ejecutándose el proyecto entre 2001 y 2004.
