La iglesia parroquial de San Jerónimo el Real, junto con el claustro integrado en el Museo del Prado, formaba parte de un desaparecido monasterio de la orden jerónima. En 1464, reinando Enrique IV, se construyó el primitivo monasterio jerónimo de Santa María del Paso junto al camino del Pardo, cerca del río Manzanares, pero debido a la insalubridad del lugar los monjes pidieron a los Reyes Católicos que les permitieran trasladarse a un lugar más saludable, privilegio que obtuvieron en 1503. El lugar elegido fue la zona oriental extramuros de la Villa de Madrid, donde se construyó un nuevo templo al que se agregó el claustro trasladado del monasterio original, que pronto se convirtió en escenario de grandes acontecimientos históricos, como la celebración de Cortes en 1510 o 1512 o la Jura de Felipe II como Príncipe de Asturias en 1528. La iglesia fue construida probablemente siguiendo trazas del maestro Enrique Egas, inspirado en otros templos góticos isabelinos como San Juan de los Reyes de Toledo o Santo Tomás de Ávila. Se trata de un edificio de una sola nave de cinco tramos cubiertos con bóvedas complejas de crucería con terceletes, a la que se abren por cada lado otras tantas capillas entre contrafuertes; transepto poco destacado en planta con crucero con bóveda estrellada con terceletes y combados, y cabecera poligonal. Sobre los arcos de medio punto de acceso a las capillas se sitúan tribunas, y sobre ellas se desarrolla el claristorio formado con otros tantos vanos abocinados. A los pies se dispone el coro alto y profundo ocupando dos tramos.
Al sur del templo se situaban dos claustros sucesivos: el viejo –hoy desaparecido-, y el nuevo o principal, iniciado ya en 1558 y terminado por Francisco de Mora en 1612, que fue sustituido en 1671 por el actual de Fray Lorenzo de San Nicolás. Por entonces ya se había desarrollado por completo el Real Sitio del Buen Retiro, que tuvo su origen en el Cuarto Real adosado en 1561-63 por Felipe II a la iglesia del monasterio, compuesto por varias estancias que servían para “retiro” de los monarcas tras las grandes ceremonias religiosas, y que tras sucesivas ampliaciones daría lugar al gran palacio promovido por Felipe IV a partir de 1630. Durante la invasión francesa este Real Sitio quedó muy dañado y tras sucesivos derribos sólo quedaron el Casón y el Salón de Reinos, adscritos ambos en la actualidad al Museo del Prado. También el monasterio fue transformado en cuartel de artillería, lo que produjo un gran deterioro en el edificio, que perdió altares y retablos –incluido el mayor renacentista de siete calles y cuatro cuerpos más ático y sotabanco-, así como sepulcros, alhajas y hasta la sillería del coro. Vueltos los monjes, repusieron los elementos desaparecidos, encargando a Rafael Tegeo –o Tejeo- una enorme pintura de La Comunión de San Jerónimo que sirviese de retablo, y labrando nueva sillería, que estuvo a tiempo para la jura de la futura Isabel II en 1833. Pero sólo tres años después la Desamortización de Mendizábal supuso un nuevo abandono del templo, convertido en cuartel de Artillería y hospital de Inválidos hasta que fue recuperado por iniciativa del rey consorte Francisco de Asís según un proyecto del arquitecto palatino Narciso Pascual y Colomer, que entre 1852 y 1855 aisló el edificio y lo revistió en estilo neogótico, dotándolo de pináculos y cresterías, dos torres rematadas por agudos chapiteles a ambos lados de la cabecera, y una nueva portada a los pies con piñón apuntado y un tímpano modelado por el escultor Ponciano Ponzano sobrepuesto a la puerta original; sin que llegase a efectuarse su propuesta para el interior ni para completar el vecino claustro, trasladándose finalmente a la catedral de Murcia la plateresca sillería del coro del monasterio de Santa María de Valdeiglesias que se iba a instalar aquí. Una nueva reforma fue emprendida entre 1880 y 1882 por Enrique María Repullés y Vargas, al ser enajenado el templo del Real Patrimonio para convertirse en iglesia parroquial del nuevo barrio surgido a su alrededor. Repullés reparó algunos elementos de la intervención de Pascual y Colomer, y adosó la nueva casa parroquial a la cabecera, aunque sin tocar tampoco el claustro; completando el aspecto neogótico del interior al recuadrar las sencillas tribunas originales con complejas tracerías conopiales. También diseñó todo el mobiliario sirviéndose del escultor José Trilles para los detalles ornamentales, desde los retablos y altares –el mayor con pinturas previas de José Méndez- a las rejas que cierran las capillas, ejecutadas por la fundición francesa de Val d’Osne. Las vidrieras, encargadas a la firma parisina de Jean B. Anglade, fueron complementadas más tarde por otras madrileñas de Maumejean Hnos. A estas piezas creadas ex profeso se unieron otras de distinta procedencia, como las dieciséis lámparas traídas de la iglesia de San Francisco el Grande, el Cristo de la Buena Muerte labrado por Juan Pascual de Mena para la vieja iglesia de Santa Cruz, o los cuadros en depósito del Museo del Prado que embellecían las capillas, provenientes casi todos de otros conventos desamortizados excepto el San Sebastián entre santos de Alonso Sánchez Coello, pintado para la cuarta capilla de la Epístola en 1582.
En 1905 se añade la monumental escalera exterior a los pies del templo con motivo del matrimonio de Alfonso XIII y Victoria Eugénia de Battenberg al año siguiente. En 1910 el arquitecto Jesús Carrasco propone restaurar el claustro y rodearlo de nuevas edificaciones, al igual que Pedro Muguruza diez años después. Durante la Guerra Civil (1936-1939) se recogieron todas las imágenes, que se repusieron una vez acabada la contienda exceptuados algunos cuadros que pasaron al Prado, y que en la actualidad han sido sustituidos por otros con igual procedencia de artistas de la talla de Fray Juan Ricci, Francisco Rizi, Carreño de Miranda, José Moreno, Alonso Cano, Jerónimo Jacinto de Espinosa, o Antonio de Pereda. En 1948 el arquitecto Francisco Íñiguez pica los revocos dejando visto el aparejo toledano original formado por verdugadas de ladrillo enmarcando cajeado de mampostería, y elimina elementos decorativos y cresterías adosados por Pascual y Colomer; dejando para una segunda fase el picado de los revocos interiores de Repullés. En 1960 González Valcárcel realiza obras de consolidación del claustro; en 1974 Chueca propone una vez más la reconstrucción del claustro para ampliar el Museo del Prado; y en 1985 Francisco Jurado Jiménez emprende un ambicioso proyecto de restauración global para estabilizar la portada, reforzar estructuras y sanear las cubiertas, que en sucesivas fases se ha prolongado hasta el año 2011, reponiendo las cresterías eliminadas por Íñiguez y el aspecto interior que le diera Repullés, aunque su retablo mayor ha sido desplazado a un brazo del crucero para restituir el previo de Rafael Tegeo. Interesante resulta el hallazgo durante las obras de restauración de un Vía Crucis pintado por Lorenzo Montero en el siglo XVII, y dos bajorrelieves de estilo renacentista que marcaban y adornaban la puerta de paso a los desaparecidos aposentos reales. Por último hay que citar que el claustro fue rehabilitado entre 2001 y 2005 por el arquitecto Rafael Moneo como ampliación del Museo del Prado.
